水環境監測中心整體檢測力破一千六百項
東江水送抵本港，並非沿着開敞的天然河道一路流奔。工程全面升級改造後，原水在東莞橋頭的太園泵站即被抽入封閉的專用管道，沿途與其他水體完全隔離，直接輸送到深圳水庫，從源頭杜絕半路混入污染的風險。深圳水庫是原水入港前的最後一站。供港東江水進入庫區後，須先經過生物硝化站進行過濾與淨化處理，合格後方始離庫。
為保障原水水質長期維持在國家地表水Ⅱ類標準，水源保護採取了「源頭截污」策略。粵海水務生產技術部副總經理張薇介紹，降雨後地面沖刷產生的髒水會被市政截排系統直接截走送往污水處理廠，既不進入深圳水庫，也不進入原水管道；進入庫區的均為東江天然河道來水與自然降雨，確保從源頭守住水質底線。
水質安全保障亦非僅在出口處把關，而是實施全天候高頻次監測。現場採樣工作每日進行，結合24小時連續採樣與人工採樣。省、市、區各級水質監測站分別設有相應指標，對港供水亦須同時滿足本港市民關心的項目要求。在日常監測中，包括氨氮、溶解氧、葉綠素及pH值等各項指標均須落在Ⅱ類標準範圍內，整股水才算符合達標要求。
建微塑料檢測平台 開展水體微塑料排查
粵海水務提供的資料顯示，工程設有水環境監測中心，具備CMA（中國計量認證）與CNAS（中國合格評定國家認可）雙重資質，現時整體檢測能力已突破1,600項；2025年以來又新增CMA覆蓋參數111項、CNAS認可參數85項，並引進傅里葉變換紅外顯微鏡與熱裂解氣相色譜質譜儀，建立微塑料檢測平台，領先開展水體微塑料排查，為對港供水構築堅實的水質安全防線。
