貫通灣區/超級換乘樞紐 接駁5條軌道線路
重建後的皇崗口岸，已不再是單純的「過關通道」，而是一座嵌進大灣區軌道網的超級換乘站。最先兌現的是深圳地鐵7號線，聯檢大樓B2層直接接駁7號線皇崗口岸站，旅客出站即可直達通關區域，無需出地面；在香港一側，北環綫支線已於今年9月刊憲，從新田站延伸約六公里地下鐵路，設洲頭、河套及新皇崗口岸三個新站，目標2034年或之前與主線同步開通。屆時往來新田和新皇崗口岸僅需約11分鐘。
深圳方向的城際軌道也在加速織網。今年7月底，穗莞深城際鐵路全線貫通，廣州白雲機場與深圳寶安機場實現最快約90分鐘軌道直達。而穗莞深城際機前段（深圳機場至前海）預計2026年底通車，前皇段（前海至皇崗口岸）仍在建設中。
未來前皇段建成後，動車將從皇崗口岸直達前海，並經機前段連通深圳機場方向，進而串聯廣州、東莞，實現廣莞深三地城際「公交化」出行。
新口岸現已連通深圳地鐵7號線皇崗口岸站，實現與南山、羅湖聯繫。預留了遠期與穗莞深城際線、深圳20號線、中軸城際線、香港北環支線接駁接口，共匯集5條軌道線路，深港之間的通勤與往來，正在被重新定義為一種軌道上的日常。
