優化管治/落實高官問責制 提升施政質素
香港回歸祖國以後，公眾對特區政府運作和政策制定有更高期望。董建華上任後除提出增建房屋，發展資訊科技及中醫藥等，更在第二屆特區政府施政期間，落實「主要官員問責制」，提升政府施政質素。
這個被慣常稱為「高官問責」的方案前前後後醞釀了很長時間。早在2000年，董建華發表第四份施政報告時，首次正式回應社會對加強官員問責的訴求。他說，司局級主要官員在制定和執行政策中擔當重要角色，與其他公務員不同。需要研究在行政長官領導下，如何加強有關主要官員的責任；2001年，在第五份施政報告中，董建華披露了加強高官問責的初步構想，包括在特區政府高層架構引入一套新的主要官員聘用制度，適用於三位司長和大部分的政策局局長，他們由行政長官提名，報請中央任命，行政長官亦可提出建議，由中央政府免除他們的職務等。
施政優先次序更明確
2002年4月17日，董建華在立法會介紹高官問責制的主要內容，正式提出將原屬公務員職系的司長和局長，改以合約方式聘任，全部列入「問責制」範圍，須為過失負政治責任，打破傳統官僚各自為政的壁壘，加強他們在特區治理中的責任及承擔。他明確表示，「推行『問責制』，是要使到特區政府的主要官員，能夠為他們的施政承擔起責任；使到特區政府的領導層理念一致，方向明確；民情在心，民意在握，同廣大市民、立法會、社會各界團體有密切的聯繫和溝通；使到施政的優先次序更明確，政策更加全面協調，為市民和社會提供更優質的公共服務。」
2003年，香港爆發沙士疫情，經濟受到嚴峻打擊，董建華在施政報告中宣布，決定與問責官員、行政會議非官守成員、特首辦主任及中央政策組首席顧問減薪一成。董建華當時說，公務員和政府就減薪方案達成共識絕不容易，這反映出公務員採取負責任和積極態度，協助政府解決財赤問題，也同時體現公務員和政府之間良好的夥伴關係。
