「做教師，可能是我做過最正確選擇」
回望數十載科研與教學生涯，申作軍最難忘的並非個人榮譽，而是「做老師」這件事：「當你看着懵懂的學生，在你手裏培養成人才，是很值得驕傲的事情。做老師，可能是我這輩子做過最正確的選擇。」在他看來，教育不在於把學生塑造成同一種模樣，而在於協助他們長成「想成為的樣子」，這亦是他最引以為傲之處。
教學生做自己真正熱愛的事
申作軍指導過的學生，背景涵蓋物理、歷史、機械、管理、商科等多個領域，他會讓學生們於團隊協作中訓練與磨合，跨學科交匯觀點，促成思想碰撞與創新，學會以不同專業的語言對話並將想法落實。他表示，自己最重視引導學生面對學術發展與成長中的迷惘，認為抉擇在於三點，「第一，你要有把自己變得更好的驅動力；第二，你要對知識有渴望；第三，你願不願意學新東西。」正如科研道路上最重要的特質是「堅持」，其根源終究在於做自己真正熱愛的事，「從大學到研究生再到工作，會接觸許多不同學科，也會面臨許多選擇。一定要學習並鑽研自己喜歡的方向，否則動力不足，很難鑽得深。」
申作軍強調，學生成才的關鍵在於內在動機，一旦動機被點燃，會更願意投入時間與心力打磨自己，便更有機會走得更遠。因此，他在教學之初常先提出一個問題：「你最想做的是什麼？」不少本科生、研究生起初難以清晰回答，但他不會催促或施壓，而是先將不同道路的出路與利弊講清楚，讓學生把理想寫下，過一段時間再回訪，並按其個人特質深入討論，力求在因材施教之餘，盡己所能協助他們把願景落地。
至今培養逾60名博士畢業生
申作軍至今培養逾60名博士畢業生，約半數於知名大學任教，另半數投身產業，他笑言自己與學生們關係親近，經常聯絡傾聽他們的困惑。他亦期望學生能留港發展、貢獻所長，在融入國家發展大局之中找到更廣闊的舞台。
是次當選院士，申作軍縱覺榮幸惟情緒未有特別波動，反而其學生的祝福讓他最動容。在為申作軍慶賀的聚餐中，學生特別邀得多年未見的舊生回來相聚，又製作了別出心裁的蛋糕，「上面把我一輩子最驕傲的事情都用3D列印進去了：一個是我出了三本書，另一個是我最愛的小狗，讓我非常感動。」那份用心感知他最在意、最喜歡東西的真誠，尤令他驚喜與觸動。
