施工將現六大污染源
圖：大橋環評報告建議各工程分包商應實施嚴格的清潔生產措施，嚴防施工機械和船舶的油料泄漏，避免對水體造成污染（本報攝）
港珠澳大橋建設推薦「䃟石灣（北線）─拱北╱明珠」橋隧組合方案，施工內容將囊括海上和陸地的橋樑施工、海底沉管隧道施工、海中人工島填築、路基路面施工、明挖、暗挖隧道施工、山嶺隧道施工以及臨時便道、臨時用地、臨時航道等的建設，因此將帶來噪聲源、環境空氣污染源、水環境污染源、施工對陸域生態環境的影響、對社會環境的影響、海上施工對海洋生態環境與漁業資源的影響等六大主要污染源。
據大橋工程環評報告顯示，因大橋項目規模大、技術複雜，施工期間地基處理、路基填築、橋樑施工、路面施工等作業機械類型眾多，運行時產生的突發性非穩態噪聲將對周圍聲環境產生影響；在施工的裝卸、運輸、拌和及物料堆放等過程中若控制不當就會引起揚塵，影響空氣質量；口岸填海、橋樑基礎鑽孔樁、海底隧道和人工島的施工，均將對海床及海水造成局部擾動，同時施工中泄漏出來的泥沙等無機懸浮物，也增加周圍水區海水中懸浮物濃度，降低局部海水水質。路基填挖使沿線的植被遭到破壞，農田、林地被侵佔，地表裸露，從而使沿線地區的局部生態結構發生一定的變化；工程取棄渣場處理不當將會引起水土流失。此外，因施工使兩側居民交往不便，施工期對居民的正常生活有一定影響。
由於大橋主體工程「海中橋隧」長達三十五點五八公里，因此逾四年半工期的海上施工將對海洋生態環境與漁業資源產生較大影響。首先，海域橋樁施工、人工島填海區的陸域形成等造成局部水體懸浮物濃度增高，使浮游動植物等水生生物的生活環境發生變化。第二，大橋、隧道、人工島等建設過程中施工機械的噪聲和振動對水生生物形成驚擾。第三，大橋施工的各類擾動將不可避免會對缺乏游泳和躲避能力的魚卵、仔稚魚造成損傷。第四，大橋施工會給珠江口現有航道比較密集的過往船舶航行帶來一定的干擾，一旦突發船舶事故，造成溢油或危險化學品事故，將給海洋生態環境和漁業資源帶來嚴重污染損害。
