兩個生物反應器各有功能
利用細菌及微生物去處理廚餘，手法甚為普遍。「廚餘全面轉化系統」的獨特之處，就是透過兩個反應器「分解有機物反應器」及「產甲烷生物反應器」，刻意把分解廚餘、生產甲烷兩個生物反應分開進行。前者可調節細菌的分解能力，令經過處理的廚餘仍然保留豐富蛋白質，以生產高價值魚糧。而後者就剔除可令甲烷生成菌死亡的酸素，令生產出來的甲烷純度更高。
在大自然中，會分解廚餘的一般細菌益生菌，會和生產沼氣的特殊細菌一同滋長，兩者過着同生及相剋的微妙關係。特殊細菌依賴益生菌去分解廚餘，才可吸收廚餘的養分成長及製造沼氣。但益生菌分解廚餘時會產生酸素，酸素過濃就殺死特殊細菌。
研究團隊因此就把益生菌及特殊細菌分開存於兩個反應器內，先讓益生菌在「分解有機物反應器」內好好分解出廚餘的養分，把廚餘變為營養液。只要隔濾營養液中的酸素，注入「產甲烷生物反應器」內，提供最合適的生長環境，反應器內的特殊細菌就會生長，並製造高純度沼氣。
生產力局環境管理部首席顧問馬耀華指，兩個反應器所用的細菌及微生物各自需要三至四個月去培殖，才可達至有效運作水平。如不想生產沼氣時，只要停止向「產甲烷生物反應器」注入營養液，特殊細菌就會停止製造沼氣。當重新注入營養液，特殊細菌就會繼續製造沼氣。他笑稱，別把兩個反應器都成「電器」，一按開關就會運作，強調細菌等生物需要活躍，令系統運作。
另外，過去以細菌及微生物去處理廚餘，都只會餘下營養成分低的渣滓，這類渣滓大都只能當成植物堆肥。研究團隊就刻意調節，令益生菌分解廚餘可保留當中的蛋白質，使廚餘的殘餘物可以做成高營養的魚糧。
